Σε δεύτερη συνεδρίασή της συνήλθε από 18 έως 20 Μαΐου 2016 στην Κρήτη η Πανορθόδοξη Γραμματεία Προπαρασκευής της Αγίας και Μεγάλης Συνόδου. Με ευλογία του Αγιωτάτου Πατριάρχου Μόσχας και Πασών των Ρωσσιών στις εργασίες της Γραμματείας συμμετείχαν ο Πρωθιερέας Νικόλαος Μπαλασώφ, Αναπληρωτής Πρόεδρος του Τμήματος Εξωτερικών Εκκλησιαστικών Σχέσεων του Πατριαρχείου Μόσχας, μέλος της Γραμματείας, ο Ιερέας Αλέξανδρος Βόλκωφ, Σύμβουλος της Γραμματείας και Προϊστάμενος του Γραφείου Τύπου του Πατριάρχου Μόσχας και Πασών των Ρωσσιών καθώς και ο Ιερέας Ανατόλιος Τσουριακώφ, στέλεχος του ΤΕΕΣ. Κατά τη διάρκεια των εργασιών της Γραμματείας υπό την προεδρία του Σεβασμιωτάτου Μητροπολίτου Ελβετίας Ιερεμίου, Συντονιστή αυτής, μέλη της Γραμματείας πραγματοποίησαν σειρά συσκέψεων και γνώρισαν από κοντά τον τόπο διεξαγωγής της Συνόδου, δηλαδή την Ορθόδοξη Ακαδημία Κρήτης.
Ως αναμένεται κατά την εορτή της Πεντηκοστής οι Προκαθήμενοι των κατά τόπους Ορθοδόξων Εκκλησιών θα τελέσουν συλλείτουργο στον Ιερό Καθεδρικό Ναό Αγίου Μηνά της Αρχιεπισκοπής Κρήτης ενώ την παραμονή της εορτής θα παραστούν συμπροσευχόμενοι στη διάρκεια του Εσπερινού στον Ιερό Ναό Αγίου Τίτου. Τα μέλη της Γραμματείας επιθεώρησαν τους Ναούς και εισηγήθηκαν προτάσεις σχετικά με την αρτιότερη οργάνωση των πανηγυρικών εκδηλώσεων.
Στις συσκέψεις πρώτα στο Ηράκλειο και μετέπειτα στα Χανιά στην Ορθόδοξη Ακαδημία Κρήτης συζητήθηκαν θέματα προετοιμασίας και οργανώσεως των εργασιών της Αγίας και Μεγάλης Συνόδου, της οποίας οι συνεδριάσεις θα αρχίσουν στις 20 Ιουνίου την Ημέρα του Αγίου Πνεύματος. Οι εκπρόσωποι των κατά τόπους Ορθοδόξων Εκκλησιών έθιξαν σειρά τελεταρχικών και διαδικαστικών ζητημάτων. Επίσης συζητήθηκαν λεπτομερώς οι αρχές λειτουργίας της επίσημης ιστοσελίδας της Συνόδου, η οποία πρόκειται να τεθεί σε λειτουργία σύντομα. Επιπλέον ξεκαθαρίσθηκε το πως θα γίνει η διαπίστευση των δημοσιογράφων και πώς θα εργάζεται ο Τύπος κατά τις ημέρες διεξαγωγής της Συνόδου.
Στα πλαίσια της παραμονής τους στην Κρήτη τα μέλη της Γραμματείας δέχθηκε ο Αρχιεπίσκοπος Κρήτης Ειρηναίος στην Ιερά Μονή Κοιμήσεως τη Θεοτόκου Αγκαράθου Κρήτης.
